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香菇可以用保鲜袋包好，放在冰箱或冰柜里。在冰箱里可以保存7-10天冰柜里可以保存5-10个月。或者新鲜的香菇用10%的盐水浸泡，可以保存10 ~ 15天。吃的时候用清水浸泡3 ~ 5个小时，冲掉一大部分盐。

用开水焯3 ~ 5分钟后取出，用保鲜袋包好，放入冰箱冷藏10 ~ 15天，放入冰柜冷藏8 ~ 12个月。或者将新鲜的香菇放在太阳下晒干，包装12-18个月。

香菇有很强的吸水性。含水量高了，容易氧化变质，也会发生霉变。蘑菇必须干燥后才能储存。必须在储存容器中放入适量的吸湿剂，如块状石灰或干木炭，防止水分倒流。香菇必须存放在低温通风处。有条件的话，盛香菇的容器可以密封保存在冰箱或冷库中。

光线中的红外线会使蘑菇升温，紫外线会引起光化学反应，从而加速蘑菇的变质。要避免将香菇存放在强光下，同时避免用透明材料包装。贮藏氧化反应是蘑菇品质变化的必要过程，如果切断氧气供应，氧化变质可得到抑制。香菇可以存放在铁罐、陶瓷罐等可密封的容器里，容器要内衬食品袋。尽可能少地打开容器口，密封时将内衬袋中的空气体排出。如果条件允许，可以放在充满氧气和氮气的袋子里保存。